站点链接

公告通知

陈卫华
时间:2016-09-26 浏览次数:



 



陈卫华
职称职务 青年千人(第十四批),教授,博士生导师
学科专业 生物信息学、宏基因组学、疾病基因组学
联系方式 (电话)(传真)
电子邮箱 weihuachen@hust.edu.cn
 
教育经历

1996- 2000年  河南师范大学生物科学学院,生物学学士

2000-2003年  东北师范大学生命科学院遗传与细胞研究所,遗传学硕士

2003-2006年  中国科学院北京基因组研究所,遗传学博士

工作经历

2006- 2007年  中国科学院北京基因组研究所,北京,研究助理

2007-2008年  杜塞尔多夫大学计算机系,德国,博士后

2008-2013年  欧洲分子生物学实验室,德国,博士后

2014-2016年  瑞士生物信息学研究所/日内瓦大学医学院,瑞士,博士后

2016年-至今 华中科技大学生命科学与技术学院,生物信息与系统生物学系,教授,博士生导师

学术兼职  
研究方向

主要研究兴趣是系统生物学和转化医学,即用计算生物学和多组学整合方法,鉴定有显著应用价值的基因(人)和/或微生物(肠道或肿瘤部位),开发新方法改造细菌基因组或原位操纵细菌丰度。研究组主要研究内容包括:1)肠道或肿瘤部位微生物动态变化与疾病的关系,以及对治疗效果的影响;2)微生物基因组改造,使之适合作为肿瘤治疗或靶向药物运送工具;3)噬菌体作为操纵肠道微生物丰度的工具研究及应用;4)与肿瘤预后相关基因标记(突变、基因表达丰度)研究;5)用机器学习方法整合/发现基因突变或表达signature,以建立可用于疾病风险预测和诊断的数学模型。


近年的科研项目、专著与论文、专利、获奖
截止2018年3月,发表第一作者/通讯作者发表文章近20篇,其中包括Science、Molecular Systems Biology、Nature Communications、Molecular Biology and Evolution、Nucleic Acids Research等著名杂志。H-index为20。曾任美国人类长寿公司(HLI)顾问(2015年),北京基因组学研究所客座研究(2015年)员。
近五年代表性论文

1. Na L Gao*, C. Zhang*, Z. Zhang, S. Hu, M. J. Lercher, X. M. Zhao, P. Bork#, Z. Liu# and Wei-Hua Chen# (2018). "MVP: a microbe-phage interaction database." Nucleic Acids Res.  (2016 IF: 10.162) 

2. Wei-Hua Chen#, G. Lu, X. Chen, X. M. Zhao and P. Bork (2017). "OGEE v2: an update of the online gene essentiality database with special focus on differentially essential genes in human cancer cell lines." Nucleic Acids Res 45(D1): D940-D944.  (2016 IF: 10.162)

3. He, Z., H. Zhang, S. Gao, M. J. Lercher, Wei-Hua Chen# and S. Hu# (2016). "Evolview v2: an online visualization and management tool for customized and annotated phylogenetic trees." Nucleic Acids Res 44(W1): W236-241.  (2016 IF: 10.162)

4. Wei-Hua Chen, G. Lu, P. Bork, S. Hu and M. J. Lercher (2016). "Energy efficiency trade-offs drive nucleotide usage in transcribed regions." Nat Commun 7: 11334.  (2016 IF: 12.164)

5. Chen, W.H., van Noort, V., Lluch-Senar, M., Hennrich, M.L., JA, H.W., Yus, E., Alibes, A., Roma, G., Mende, D.R., Pesavento, C. et al. (2016) Integration of multi-omics data of a genome-reduced bacterium: Prevalence of post-transcriptional regulation and its correlation with protein abundances. Nucleic Acids Res, 44, 1192-1202. (2016 IF: 10.162)

6. Lluch-Senar, M.*, Delgado, J.*, Chen, W.H.*, Llorens-Rico, V., O'Reilly, F.J., Wodke, J.A., Unal, E.B., Yus, E., Martinez, S., Nichols, R.J. et al. (2015) Defining a minimal cell: essentiality of small ORFs and ncRNAs in a genome-reduced bacterium. Molecular systems biology, 11, 780

7. Chen, W.-H., X.-M. Zhao, V. van Noort and P. Bork (2013). "Human Monogenic Disease Genes Have Frequently Functionally Redundant Paralogs." PLoS Comput Biol 9(5): e1003073.

8. Schonknecht, G.*, Chen, W.H.*, Ternes, C.M., Barbier, G.G., Shrestha, R.P., Stanke, M., Brautigam, A., Baker, B.J., Banfield, J.F., Garavito, R.M. et al. (2013) Gene transfer from bacteria and archaea facilitated evolution of an extremophilic eukaryote. Science, 339, 1207-1210.

9. Chen, W.H., Minguez, P., Lercher, M.J. and Bork, P. (2012) OGEE: an online gene essentiality database. Nucleic Acids Research, 40, D901-906. (2016 IF: 10.162)

10. Chen, W.-H., Trachana, K., Lercher, M.J. and Bork, P. (2012) Younger Genes Are Less Likely to Be Essential than Older Genes, and Duplicates Are Less Likely to Be Essential than Singletons of the Same Age. Molecular Biology and Evolution, 29, 1703-1706.



更多更新信息请见实验室主页:http://chenlab.medgenius.info/