生命学院郭安源教授团队开发癌症基因组大数据分析平台-华中科技大学生命科学与技术学院

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生命学院郭安源教授团队开发癌症基因组大数据分析平台
时间:2018-05-28 浏览次数:

  5月22日,国际权威学术期刊《生物信息学》(Bioinformatics)在线发表了生命学院郭安源教授团队开发的癌症基因组大数据分析平台。该论文题目为《GSCALite,一个基因集癌症分析的在线平台》(GSCALite: A Web Server for Gene Set Cancer Analysis)。郭安源教授及其博士后张琼博士为共同通讯作者,生命学院博士生柳纯洁和胡斐斐为共同第一作者。

  测序技术的发展使得癌症研究从传统病理急速转化到分子组学方面的研究。随着癌症基因组大数据的产生,准确分析和解读海量的组学数据成为了新的挑战。癌症的发生发展通常是一组基因或者通路异常导致的,单个基因的异常信号可能会在背景噪声中淹没。从多组学大样本的角度研究一组基因在多种癌症中的分子行为变得极为迫切。

  该文中,作者基于TCGA的癌症多组学数据,小分子药物敏感性数据等,开发生物信息计算方法,构建基因集多癌症的分析平台。用户通过输入基因集或者通路,选取需要分析类型和癌症类型,提交后可以获得能够用于发表的精美分析图片。分析平台GSCALite(http://bioinfo.life.hust.edu.cn/web/GSCALite/)主要的功能模块包括:①差异表达和生存分析;②基因组变异及其对应的生存分析;③基因表达与癌症通路的相关性;④miRNA调控网络;⑤基因的药物敏感性分析;⑥基因集的组织表达和eQTL分析。该分析平台是第一个分析癌症中基因集多组学的工具,并提供独特的药物敏感性分析模块。

  GSCALite提供了一个多合一癌症基因组基因集分析平台,是一个节省时间且直观的工具,能够用于揭示癌症基因组学大数据价值,使得没有任何编程技能的实验生物学家也可使用癌症组学大数据,有助于癌症研究领域的机制和药物的发现。

GSCALite的原理图

  郭安源教授(实验室网站http://bioinfo.life.hust.edu.cn/)在生物信息领域颇有建树,发展了转录因子与miRNA在复杂疾病中的共调控网络研究方法,建立和持续维护升级了AnimalTFDB、miRNASNP和lncRNASNP等一系列在国际上有一定影响力的专业数据库,在白血病等癌症中系统研究转录因子与miRNA的调控机制,发现重要调控分子。2018年已在Nucleic Acids Research、OncoImmunology、Bioinformatics和Molecular Therapy - Nucleic Acids等SCI杂志发表论文多篇。近5年来,在Cancer Research和Nucleic Acids Research等杂志发表论文20多篇,被引用2000多次,多篇论文获评高被引论文。教学和指导学生方面,主讲多门专业课,获得教学质量二等奖和优秀班主任等称号,指导学生获得湖北省优秀博士论文和学士论文等。

 

 

供稿单位:生物信息与系统生物学系

通讯员:柳纯洁