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生命学院郭安源教授团队发布动物转录因子数据库第三版
时间:2018-09-13 浏览次数:

  9月12日,牛津大学出版社(Oxford University Press)出版的《核酸研究》(Nucleic Acids Research)(2017年影响因子11.56)在线发表了生命学院郭安源教授团队的动物转录因子数据库(AnimalTFDB)第三版(http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB/)。

  郭安源教授为通讯作者,生命学院博士生胡慧和硕士生苗亚茹为共同第一作者。郭安源教授团队于2011年完成了动物转录因子数据库第一版,至今持续维护和更新了7年,三个版本的文章分别都发表在《核酸研究》。持续的更新、准确完善的数据和方便易用的在线平台使得该数据库成为了国际上转录因子相关研究领域最权威的资源。与其他相关数据库的比较显示AnimalTFDB是最准确可靠的动物转录因子数据库。AnimalTFDB自2012年初发表以来,用户遍及60多个国家,访问次数多达100万次,文章总引用近300次,引文包括多篇Cell和Nature等。



  在最新发表的第三版动物转录因子数据库中,作者鉴定、分类和注释了97个物种中全基因组水平的完整转录因子基因12万多个,转录辅因子基因8万多个。注释信息包括:功能结构域、功能信息、相关通路、相互作用、同源基因、不同组织和疾病中的表达、转录因子结合位点及其相关疾病表型等。除此之外,该数据库提供了2个在线预测工具,分别可以批量预测转录因子和预测DNA序列上的转录因子结合位点。同时由于人类转录因子的广泛使用需要,作者还把人类的单独分开做成了HumanTFDB这一子数据库(http://bioinfo.life.hust.edu.cn/HumanTFDB/)。

  据了解,转录因子(Transcription factor,TF)是一类对基因转录起关键调控作用的蛋白质,它可以通过结合靶基因进而促进或抑制其转录表达,在各种生物过程和疾病发生中起非常关键的作用。因此,鉴定、分类和注释转录因子以及分析转录因子的调控和功能等一直是研究的热点和基础。


通讯员:苗亚茹

供稿:生物信息与系统生物学系