环境资源微生物技术研究所现有教授3人（谢尚县、张晓昱、余洪波），副教授1人（马富英），团队负责人为谢尚县教授，现有博士后、科研助理、研究生等30余人。主要开展绿色生物智能制造、生物活性物质、高端功能生物材料、肠道微生物与健康及污染物生物降解等领域相关的微生物学与生物技术研究，并以生物质及异生物质微生物降解与转化为研究特色，从微生物多组学、系统合成生物学、分子生物学、代谢工程、分子生态及发酵工程等不同层面，研究微生物与环境、能源、医药、食品、材料等国家重大需求相关的理论与生物制造技术。解析了木质纤维素降解与转化的分子机制，建立了木质素与芳烃污染物共基质降解理论及基于合成生物学的木质纤维素综合资源化转化平台，阐明了生物活性物质代谢途径及其与人体健康关系。在Advanced science，Green chemistry，Journal of hazardous materials，Environmental microbiology，Applied and environmental microbiology，Bioresource technology等高水平国际期刊发表论文200余篇，授权专利十余项。承担了国家重点研发计划、国家973计划课题、863计划课题、国家自然科学基金、省市科技攻关、产学研及企业合作项目数十项。主要研究方向包括：

1、合成生物学与微生物制造

--木质纤维素降解与转化组学

--生物基产品微生物转化技术

2、环境微生物技术
--难降解污染物的生物处理及修复

--生物质与异生物质的共代谢机制
3、生物活性物质与人体健康                          
--木质纤维素生物活性物质转化机制

--益生物质调控肠道菌群及人体健康

4、高分子生物材料
--木质素生物改性与高分子材料性能

--木质纤维素基高分子复合材料合成