近日，我院郭安源教授课题组在《Nucleic Acids Research》（IF：8.8）发表了两篇文章。分别介绍了两个非常有用的数据库：动物转录因子数据库的更新升级版本（AnimalTFDB 2.0）和长非编码RNA相关的单核苷酸多态性数据库（lncRNASNP）。

 转录因子是生物体内一类非常重要的基因表达调控因子，如诱导成熟细胞重编程为iPS细胞的4个因子就都是转录因子。因此，转录因子的发现、预测、分类和注释等是一项重要的基础工作。郭安源教授课题组于2012年在《Nucleic Acids Research》发表了全面系统的动物转录因子数据库文章，今年针对大量出现的新数据对该数据库进行了更新。目前动物转录因子数据库包含65个动物物种的所有预测到的几万个转录因子、转录调控辅因子和染色质重塑因子信息。新增加了模式物种的转录因子表达信息、表型相关信息、多序列比对和进化树信息等注释信息，并且建立了多个工具，可以对用户提交的蛋白质序列进行BLAST预测和隐马尔科夫模型预测，以检测其是否为转录因子。该研究为发现和了解转录因子、转录调控研究和比较基因组学研究等打下了坚实的基础。

长非编码RNA（lncRNA）是目前生物医学研究中的热点。人类基因组序列中的绝大部分区域都可以转录，但是仅有2%左右能编码蛋白质，因此大部分都是非编码RNA。目前普遍认为lncRNA在生物体内起着非常重要的作用，而且参与功能作用的方式非常多样化。目前人类基因组中预测到的lncRNA已有几万个，然而已知功能的只有极少数。单核苷酸多态性（SNP）是不同个体间的基因组上的遗传变异，与基因表达、功能、个体表型和疾病易感性相关。lncRNA上的SNP也有报道与lncRNA的结构、功能和疾病风险相关。本项工作主要通过生物信息学方法鉴定人和小鼠基因组上已知lncRNA基因上的SNP，并预测其中可能落在lncRNA与miRNA结合位点的SNP及其对lncRNA与miRNA结合的影响，同时可以根据miRNA的表达以及结合位点的保守性筛选可能的功能SNP。进一步整合人类GWAS数据，鉴定落在GWAS所发现的tag SNP及其连锁不平衡区域中的lncRNA相关SNP。该数据库将成为lncRNA、SNP和miRNA等研究领域的重要资源，特别是为筛选非编码RNA相关SNP进行疾病关联分析提供非常有用的信息。该项工作是和我校同济医学院公共卫生学院的缪小平教授合作完成的。

这些工作受到了国家自然科学基金的资助。

郭安源教授主要从事生物信息学和系统生物学的研究，包括转录因子和非编码RNA相关数据整合和数据库构建及其在复杂疾病中的调控研究等。2009年回国以来，作为通讯作者发表SCI论文16篇，其中影响因子大于8的文章5篇，影响因子大于5的文章8篇。