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    郭安源教授课题组研究取得积极进展

    作者:编辑: 时间:2011-11-01 点击量:

     近日,我院郭安源教授同时收到来自《Nucleic Acids Research》 (IF: 7.8)和《Human Mutation(IF: 6.0) 杂志的文章接受函。截止目前,在进入我校的短短2年内,郭安源教授已发表了3篇影响因子5以上的高水平文章。

     郭安源教授主要从事生物信息学和系统生物学在复杂疾病中的研究,包括数据整合、数据库构建、miRNA调控、比较基因组学和二代测序数据的分析研究等。此次,两篇文章分别是关于miRNA相关SNP的研究和动物全基因组范围的转录因子数据库的构建。

     miRNA是目前生物医学研究中的热点,它广泛参与动植物的生理病理过程。已有多篇文章报道miRNAmiRNA靶基因上的单核苷酸多态性位点(SNP)与疾病有关。该文章通过生物信息学方法确定人类所有miRNA基因上的SNP,分析这些SNPmiRNA靶基因的调节影响,并通过实验验证了部分SNPmiRNA和靶基因的结合影响,首次报道了miRNA中的SNP能产生新的靶基因结合位点。同时为方便同行研究,还构建了一个界面美观、简单易用的生物信息数据库miRNASNP (http://www.bioguo.org/miRNASNP/)。该文章对于探索miRNA的功能、寻找疾病相关SNP提供了非常有用的资源和信息。

     转录因子是生物体内一类非常重要的转录调控蛋白,调节和控制各种生物学过程中的基因表达。郭安源教授得文章系统收集整理了全面的动物转录因子家族信息,建立了动物转录因子预测流程,对50种已测序的动物物种进行了全基因组转录因子的预测和分类,并进行了详细的功能注释,构建了全面的动物转录因子数据库,并精细设计了美观易用的动态网页界面(AnimalTFDB。该研究为系统研究转录调控这一重要生物学过程和比较基因组学研究打下了坚实的基础。



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