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2014年度生命科学与技术学院拟聘人选公示(1)

作者:编辑: 时间:2014-12-08 点击量:


        经学院学术委员会评议、教师聘任委员会评议和学院党政联席会讨论,同意聘任宁康和徐承启博士为生命科学与技术学院教授,特此公示。

一、宁康博士
宁康,男,1979年09月,现工作单位:中国科学院青岛生物能源与过程研究所,研究员,博士生导师, 生物信息学团队负责人
Email:ningkang@qibebt.ac.cn
办公电话(+86) 532-80662624
移动电话(+86) 15264290838
科研网页http://www.computationalbioenergy.org/
教育经历:
1998年09月—2003年07月中国科学技术大学计算机系,获理学学士学位
2003年08月—2008年08月新加坡国立大学计算机系生物信息学和计算生物学专业,获哲学博士学位
工作经历
2002年09月—2003年07月中国国家高性能计算中心(合肥),研究助理
2007年11月—2010年06月美国密歇根大学,博士后
2010年08月—2012年11月中国科学院青岛生物能源与过程研究所,副研究员
2012年12月—至今中国科学院青岛生物能源与过程研究所,研究员
科研方向及兴趣:
1. 微生物群落宏基因组数据整合与挖掘技术开发
2. 微生物单细胞表型和基因型数据整合与分析
3. 微生物功能基因组分析方法开发
4. 面向微生物组学异质性大数据的数据库技术开发
5. 计算蛋白质组学和蛋白调控网络等分析
6. 高性能计算在生物信息学中的应用
主持项目或课题:
1. 2014 年01 月— 2017 年12 月:微生物组学数据集成及分析的关键技术研发(子课题经费170 万人民币)。国家高技术研究发展计划(863 计划)子课题(课题编号:2014AA021502)。子课题负责人。
2. 2013 年07 月— 2016 年06 月:面向微生物群体受胁迫异质性分析的单细胞组学平台开发(项目经费69 万人民币)。国家自然科学基金委员会中德科学中心项目(GZ 878)。项目负责人。
3. 2013 年01 月— 2016 年12 月:光能人工细胞工厂的构建及应用(总经费882 万人民币,直接承担332 万人民币)。国家高技术研究发展计划(863 计划)课题(课题编号:SS2012AA023107)。课题负责人。
4. 2013 年01 月— 2016 年12 月:基于海量样本的高性能元基因组数据分析策略和方法开发(项目经费80 万人民币)。国家自然科学基金面上项目(项目编号:31271410)。项目负责人。
5. 2012 年01 月— 2014 年12 月:基于双向聚类算法的高通量组学数据融合方法研究(项目经费21 万人民币)。国家自然科学基金青年基金项目(项目编号:61103167)。项目负责人。
6. 2011 年12 月— 2012 年12 月:牙菌斑菌群宏基因组研究技术的开发(课题经费60 万人民币)。宝洁(P&G)公司,横向项目。课题共同负责人。
7. 2011 年01 月— 2014 年12 月:生物信息学(项目经费40 万人民币)。中国科学院青年创新促进会项目(项目编号:Y11A011104)。项目负责人。
8. 2011 年01 月— 2013 年12:核糖代谢途径介导的分枝杆菌产乙醇研究(项目经费80 万人民币)。中国科学院知识创新工程重要方向项目(项目编号:Y112182104)。项目负责人。
9. 2010 年12 月— 2012 年11 月:小球藻Chlorella pyrenoidosa 基因组和转录组学研究(子课题经费45 万人民币)。国家重点基础研究发展计划(973 计划)子课题(973 项目名称:微藻能源规模化制备的科学基础(2011CB200900))。课题负责人。
10. 2010 年12 月— 2012 年11 月: 微拟球藻核辐射高产油突变体的基因改良机理研究(课题经费8 万人民币)。能源清洁利用国家重点实验室(浙江大学)开放课题。课题负责人。
论文及专利:
代表性论文:
1. Qian Zhou, Xiaoquan Su, Kang Ning*. Assessment of quality control approaches for metagenomic data analysis. Scientific Reports, 4 : 6957, 2014.(SCI 影响因子5.08,通讯作者)
2. Qian Zhou1, Z.Lewis Liu1, Kang Ning1, Anhui Wang, Xiaowei Zeng and Jian Xu. Genome and transcriptome analyses reveal that MAPK-and phosphatidylinositol-signaling pathways mediate tolerance to 5-hydroxymethyl-2-furaldehyde for industrial yeast Saccharomyces cerevisiae,Scientific Reports 4:6556, 2014. (SCI 影响因子5.08,共同第一作者)
3. Xiaoquan Su, Jianqiang Hu, Shi Huang and Kang Ning*. Rapid comparison and correlation analysis among massive number of microbial community samples based on MDV data model , Scientific Reports, 4:6393, 2014. (SCI 影响因子5.08,通讯作者)
4. 宁康,陈挺. 生物医学大数据的现状与展望. 科学通报, 2014, accepted. (中文核心期刊)
5. Xiaoquan Su, Weihua Pan and Kang Ning*. Parallel-META 2.0: Enhanced Metagenomic Data Analysis with Functional Annotation, High Performance Computing and Advanced isualization, PLoS ONE, 2014,10.1371/journal.pone.0089323. (SCI 影响因子3.53,通讯作者)
6. Jianqiang Hu, Dongmei Wang, Li Jing, Kang Ning*, Jian Xu*. Genome-wide identification of transcription factors and transcription-factor binding sites in oleaginous microalgae Nannochloropsis, Scientific Reports, 4, 5454. (SCI 影响因子5.08,通讯作者)
7. 白虹,宁康*,王长云*. 运用基于高通量测序和大数据挖掘的元基因组学方法分析中药制剂的物种成分. 药学学报, 2014, in press. (中文核心期刊,通讯作者)
8. Xinwei Cheng, Xiaoquan Su, Xiaohua Chen, Huanxin Zhao, Cunpei Bo, Jian Xu,Hong Bai and Kang Ning*. Novel strategy for evaluating biological ingredients of Traditional Chinese Medicine preparation based on high-throughput sequencing, Scientific Reports, 4, 5147. (SCI 影响因子5.08,通讯作者)
9. Peng Yang, Xiaoquan Su, Le Ouyang, Hon-Nian Chua, Xiaoli Li and Kang Ning*. Microbial community pattern detection in human body habitats via ensemble clustering framework, BMC Bioinformatics, 8(Suppl 4):S7, 2014. (SCI影响因子2.67,通讯作者)
10. Jing Li1, Danxiang Han1, Kang Ning1, Dongmei Wang1, Jianqiang Hu, et. al.,Qiang Hu, Jian Xu. Choreography of transcriptomes and lipidomes of Nannochloropsis reveals the mechanisms of oleaginousness in microalgae, Plant Cell, 2014, 10.1105/tpc.113.121418. (SCI 影响因子9.58,共同第一作者)
11. Dongmei Wang1, Kang Ning1, Jing Li1, et. al., Qiang Hu, Jian Xu.Nannochloropsis Genomes Reveal Evolution of Microalgal Oleaginous Traits,PLoS Genetics,10(1): e1004094, 2014. (SCI 影响因子8.17,共同第一作者)
12. Fang Yang, Kang Ning1, Xingzhi Chang, et. al., Jizhong Zhou, Jian Xu, Saliva Microbiota Carry Caries-Specific Functional Gene Signatures, PLoS ONE 9(2):e76458. 2014. (SCI 影响因子3.53,共同第一作者)
13. 苏晓泉,宋宝兴,王雪涛,马新乐,徐健,宁康*. Meta-Mesh—元基因组数据分析系统, 生物工程学报,2014, 30(1): 1−12. (中文核心期刊,通讯作者)
14. Xiaoquan Su, Xuetao Wang, Gongchao Jing and Kang Ning*.GPU-Meta-Storms: computing the structure similarities among massive amount of microbial community samples using GPU, Bioinformatics, 2014,10.1093/bioinformatics/btt736. (SCI 影响因子4.62,通讯作者)
15. Qian Zhou, Xiaoquan Su, Anhui Wang, Jian Xu and Kang Ning*. QC-Chain:Fast and Holistic Quality Control Method for Next-Generation Sequencing Data,
PLOS ONE, 8(4):e60234, 2013. (SCI 影响因子3.53,通讯作者)
16. Baoxing Song, Xiaoquan Su and Kang Ning*. MetaSee: An interactive and extendable visualization toolbox for metagenomic sample analysis and comparison, PLOS ONE, 2012,7(11), e48998. (SCI 影响因子3.53,通讯作者)
17. Xiaoquan Su; Jian Xu; Kang Ning*. Meta-Storms: Efficient Search for Similar Microbial Communities Based on a Novel Indexing Scheme and Similarity Score for Metagenomic Data. Bioinformatics 2012, 28(19), 2494-2501. (SCI 影响因子4.62,通讯作者)
18. Kang Ning, Damian Fermin and Alexey I. Nesvizhskii. Comparative analysis of different label-free mass spectrometry based protein abundance estimates and their correlation with RNA-Seq gene expression data. Journal Proteome Research 2012, 11(4), 2261-2271. (SCI 影响因子5.00,第一作者)
19. Xiaoquan Su, Jian Xu and Kang Ning*. Parallel-META: efficient metagenomic data analysis based on high-performance computation. BMC Systems Biology,6(Suppl 1):S16, 2012. (SCI 影响因子2.85,通讯作者)
20. Na You, Gabriel Murillo, Xiaoquan Su, Xiaowei Zheng, Jian Xu, Kang Ning,Shoudong Zhang, Jiankang Zhu and Xinping Cui. SNP calling using genotype model selection on next generation sequencing data. Bioinformatics 2012, 28(5),643-650. (SCI 影响因子4.62)
21. Yang F, Zeng XW, Ning K, Liu KL, Lo CC, Wang W, Chen J, Wang DM,Huang RR, Chang XZ, Chain PS, Xie G, Ling JQ, Xu J. Saliva microbiomes distinguish caries-active from healthy human-populations, ISME J, 2012, 6,1-10. (SCI 影响因子9.27)
22. Kang Ning and Alexey I. Nesvizhskii. The Utility of Mass Spectrometry-based Proteomic Data for Validation of Novel Alternative Splice Forms Reconstructed from RNA-Seq Data: A Preliminary Assessment. BMC Bioinformatics, 2010,S11:S14. (SCI 影响因子2.67,第一作者)
23. Sriganesh Srihari, Kang Ning* and Hon Wai Leong*. MCL-CAw: A refinement of MCL for detecting yeast complexes from weighted PPI networks by incorporating core-attachment structure. BMC Bioinformatics, 2010, 11:504.(SCI 影响因子2.67,通讯作者)
24. Kang Ning*, Damian Fermin and Alexey I. Nesvizhskii. Computational Analysis of Unassigned High Quality MS/MS Spectra in Large-scale Proteomic Datasets. Proteomics, Vol. 10, Issue 14, Pages 2712 - 2718 (2010). (SCI 影响因子3.97,通讯作者)
25. Kang Ning and Damian Fermin. SAW: A Method to Identify Splicing Events from RNA-Seq Data based on Splicing Fingerprints. PLoS ONE 5(8): e12047 (2010). (SCI 影响因子3.53,第一作者)
26. Kang Ning, Hoong Kee Ng, Sriganesh Srihari, Hon Wai Leong and Alexey I Nesvizhskii. Examination of the Relationship between Essential Genes in PPI Network and Hub Proteins in Reverse Nearest Neighbor Topology. BMC Bioinformatics, 2010, 11:505. (SCI 影响因子2.67,第一作者)
27. Kang Ning. Deposition and Extension Approach to Find Longest Common Subsequence for Thousands of Long Sequences. Computational Biology and chemistry 34(3):149-157 (2010). (SCI 影响因子1.60,第一作者)
28. Kang Ning and Hon Wai Leong. The multiple sequence sets: problem and heuristic algorithms. Journal of Combinatorial Optimization. doi:10.1007/s10878-010-9329-3, 2010. (SCI 影响因子1.04,第一作者)
29. Hon Nian Chua1, Kang Ning1, Wing-Kin Sung, Hon Wai Leong and Limsoon Wong. Using Indirect Protein-Protein Interactions for Protein Complex Prediction. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, Vol. 6, No. 3(2008) page 435-466. (SCI 影响因子0.93,共同第一作者)
30. Kang Ning and Hon Wai Leong. Towards a Better Solution to the Shortest Common Supersequence Problem: The Deposition and Reduction Algorithm.BMC Bioinformatics, 7 (Suppl 4): S12 (2006). (SCI 影响因子2.67,第一作者)
31. Kang Ning, Kwok Pui Choi, Hon Wai Leong and Louxin Zhang. A Post Processing Method for Optimizing Synthesis Strategy for Oligonucleotide Microarrays. Nucleic Acids Research, Vol. 33, No 17 (2005): e144. (SCI 影响因子8.80,第一作者)
图书章节
1. Kang Ning and Jian Xu. Bioinformatics in Microbial Metagenomics: Status and Prospects. Industrial Biotechnology 2011. Science Press (China).
专利和软件著作权
1. 宁康、胡建强、苏晓泉、徐健。一种利用DNA 进行信息存储的编码方法和解码方法。专利受理号:201410163020.0。
2. 宁康,苏晓泉,徐健。基于GPGPU 和多核CPU 硬件的高性能元基因组数据分析系统。专利受理号:201210055384.8。
3. 周茜,宁康,苏晓泉,徐健。基于多核CPU 和GPGPU 硬件的高通量测序数据质量控制系统。专利受理号:201210478392.3。
4. 任立辉,宁康,籍月彤,王允,徐健,黄巍。单细胞表现型数据库系统和搜索引擎。专利受理号:201310105207.0。
5. 任立辉、宁康、马波、徐健、黄巍。活体单细胞分选电子控制系统。专利受理号:201210567603.0。
6. 宁康,白虹,苏晓泉,程新玮,赵焕新,徐健,陈晓华。一种基于高通量测序技术的中药制剂生物成分分析方法。专利受理号:201310612193.1。
7. 宁康,苏晓泉,徐健。基于GPGPU 和多核心CPU 硬件的元基因组数据分析软件2.0。软件著作权登记号: 2012SR055051。
8. 苏晓泉,周茜,宁康,徐健。并行化高通量测序数据质量控制软件1.0。软件著作权登记号:2013SR080803。
9. 苏晓泉,宁康,徐健。元基因组数据库索引与搜索系统。软件著作权登记号:2013SR000258。
10. 任立辉,宁康,苏晓泉,徐健。单细胞拉曼光谱模拟系统软件。软件著作权登记号:2013SR079944。
11. 任立辉,宁康,苏晓泉,徐健。单细胞拉曼系统控制软件。软件著作权登记号:2013SR015642。
12. 王雪涛,宁康。基于最优打印路径的3D 模型分层坐标集合生成器。软件著作权登记号: 2013SR113173。
主要学术贡献
自2010 年回国以来,组建了中国科学院青岛生物能源与过程研究所单细胞中心生物信息学团队,指导多名博士和硕士研究生。已在Bioinformatics、Plant Cell、PLoS Genetics、Journal of Proteome Research、Scientific Reports 等高水平学术期刊发表学术论文30 余篇(SCI 收录26 篇,EI 收录5 篇,国内核心期刊1篇),其中以第一作者或通讯作者发表SCI 论文23 篇。目前文章总引用数超过
600 次,平均引用数已超过15 次,文章引用指数H-index 为14。获得软件著作权6 项,申请国家发明专利5 项。作为负责人承担科技部863 课题、863 子课题、国家自然科学基金项目、
中德中心合作项目、中科院知识创新工程重要方向项目等,累计到位纵向项目总金额超过600 万元人民币。同时承担各类横向项目总金额超过50 万元人民币。目前担任中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专业委员会委员,中国蛋白质组青年学者委员会委员,中国科学院青年创新促进会首届会员;参与国家自然科学基金和科技部“十三五”生物信息学、生物大数据等方向指南编写。担任生ournal of Glycobiology、Journal of Computational Systems Biology 等期刊编委;担任IEEE ISB 等国际会议委员;担任英国自然环境研究委员会(UK-NERC)和英国生物技术与生物科学研究理事会(UK-BBSRC)等基金评委;担任Nucleic Acid Research,Bioinformatics 等10 余家著名科学期刊的经常审稿人。
主要学术贡献如下:
第一,通过微生物群落元基因组数据分析的一系列创新方法的开发,突破了微生物群落结构和功能解析与比较的效率和准确性瓶颈。其中,(a)针对群落物种和功能解析的Parallel-Meta 系列方法(BMC Systems Biology, 2012;PLoS ONE,2014;Scientific Reports, 2014a,b 等),将微生物群落结构和功能解析效率提高了10 倍以上,同时提高了分析准确性。(b)针对海量群落比较和搜索的Meta-Mesh系类方法(Bioinformatics, 2012; Bioinformatics, 2014 等),实现了以极高的效率和准确率完成上千组微生物群落之间的互相比对,使得实时的微生物群落比较和搜索成为可能。上述先进方法已应用于微生物相关的能源、环境、健康等十余项应用项目,取得了较好的经济和社会效益。如青岛日报头版头条报道了相关方法在中药生物成分研究方面的应用(Scientific Reports, 2014c)等。
第二,提出了一系列功能基因组数据分析新方法和分析流程(Bioinformatics,2012;PLoS ONE,2013;Scientific Reports,2014e 等),优化了微生物群落基因组研究中高通量测序质量控制和SNP 分析等重要问题的解决方法。相关方法已被成功运用于国际上数十个基因组研究项目中,包括本团队合作研究的能源微藻研究(PLoS Genetics,2014;Plant Cell,2014;Scientific Reports,2014d 等)。研究重点是针对不同层面的微生物组学数据整合与分析需求开发创新性算法,具体包括:(a)在基因组研究方面,提出了一系列基因组研究的新方法和分析流程,优化了微生物基因组研究中高通量测序数据质量控制(PLoS ONE, 2013; 国际上第一个不依赖前期知识的质量控制方法)、高灵敏度和低误差的SNP 分析(Bioinformatics, 2012; 国际上SNP 分析准确度最高方法之一)等重要问题的解决方法。这些微生物基因组研究中高通量测序数据分析基本方法的提出和优化,突破了微生物基因组SNP 等分析在精确性、完整性等方面的瓶颈。(b)在蛋白组研究方面,提出了提高蛋白监测完整性(Proteomics, 2010)和分析蛋白相互作用网络(BMC Bioinformatics, 2010 等)的新方法,为蛋白功能分析提供了新思路。(c)在组学数据整合分析方面,在国际上率先系统性的分析了不同生物因素和技术因素对于基因表达和蛋白丰度相关性的影响,相关工作(Journal of ProteomeResearch, 2012)是该杂志2012 年最受关注的论文之一,并在2 年内被引用40余次。基于这些组学研究新方法,构建了完整的微生物基因组研究流程。
第三,在针对微生物的单细胞基因型和表型分析方面,也与英国、德国等国科学家合作,开发了一系列单细胞比对、聚类、生物标记识别方法(PeerJ, 2014;2 项专利受理,2 项软件著作权登记等)。共同推动了微生物单细胞相关研究。
第四,建立了一整套能源微生物基因型和表型数据库系统,包括产油微藻、产能酵母等的基因组、转录组和表型数据整合系统(如海洋微藻基因组数据库http://bioenergychina.org:8989/);以及微生物单细胞的表型和基因型数据整合系统(如单细胞拉曼光谱表型数据库http://www.computationalbioenergy.org/QSpec/homepage.htm;微生物群落数据库meta-mesh.org)等。相关数据库技术和内容在国内处于领先地位,并正在支撑着国内外30 余家科研机构在能源、环境、健康等领域的科研工作。同时基于此一系列微生物数据库系统研究经验,正在参与国家级微生物数据库系统开发(如科技部863 子课题“微生物组学数据集成及分析的关键技术研发”等)。
第五,通过拓展高性能计算在微生物群落结构和功能解析方面的应用,提出了一系列面向微生物群落大数据的并行化高性能分析方法(IEEE ISB 2011; IEEEISB 2013 等),使得微生物群落数据分析的效率获得数量级上(数十倍甚至百倍)的提升。相关成果获得了第一届中国科学院超级计算应用大会(SCA2011)优秀论文第一名,并受邀在2011 年GPU 高性能计算亚洲技术大会(GTC Asia 2011)上作报告。这些大数据挖掘方法为高性能大数据分析方法在生物学领域的应用研究提供了相应的解决方案。同时基于在高性能计算方面的积累,联合高性能计算领域著名的英伟达公司(NVIDIA,财富五百强),建立了面向生物信息学研究的青能所-英伟达高性能计算联合研究中心(CUDA Research Center,CRC 高性能计算研究中心,https://research.nvidia.com/content/qingdaoCAS-crc-summary)并
作为PI 负责相关工作。已建立起整体双精度峰值计算能力达15TFLOPS(万亿次/秒)的计算集群,并正在开展数项面向生物信息学的高性能计算方法研究工作。目前国内仅有包括我所在内的七家科研机构建有CRC 高性能计算研究中心。


二、徐承启博士
徐承启,男,1983年1月10日, TEL18971142250 E-mail: xcq1127@gmail.com
教育和研究经历
2010-2014:华中科技大学生命科学与技术学院,博士后,生物医学工程,导师:周艳红教授
2005-2010: 华中科技大学生命科学与技术学院,人类基因组研究中心;硕博连读;生化与分子生物学专业,获理学博士学位
2001-2005: 华中师范大学生命科学学院,生物科学专业,获学士学位
承担课题情况
(1)国家自然科学基金青年科学基金,81200073,NINJ2影响动脉粥样硬化分子机制研究,2013/01-2015/12, 23万,在研,主持。
(2) 中国博士后科学基金第五批特别资助,2012T50607,2012/10-2013/12,15万,在研,主持。
(3)中国博士后科学基金第49批面上项目资助,2012/03-2013/12,3万,在研,主持。
(4) 973课题,2012CB531101,心肌细胞核孔蛋白与心律失常,2013/01-2017/08, 912万,在研,研究骨干(第2位,第一位为课题负责人)
(5) 国家自然科学基金重点项目,31430047,基于家系的新一代测序探索冠心病分子遗传基础,2015/01-2019/12, 327万, 在研,主要研究人员(第2位,第一位为课题负责人)
已发表论文
(1)Xu C, Yang Q, Xiong H, Wang L, Cai J, Wang F, Li S, Chen J, Wang C, Wang D, Xiong X, Wang P, Zhao Y, Wang X, Huang Y, Chen S, Yin D, Li X, Liu Y, Liu J, Wang J, Li H, Ke T, Ren X, Wu Y, Wu G, Wan J, Zhang R, Wu T, Wang J, Xia Y, Yang Y, Cheng X, Liao Y, Chen Q, Zhou Y, He Q, Tu X, Wang QK. Candidate Pathway-Based GWAS Identifies Novel Associations of Genomic Variants in the Complement System Associated with Coronary Artery Disease. Circulation Cardiovascular Genetics. 2014 Sep 23. pii: CIRCGENETICS.114.000738. [Epub ahead of print](第一作者,响因子5.34,A类)
 (2) Fan Wang, Cheng-Qi Xu, Qing He, Jian-Ping Cai, Xiu-Chun Li, Dan Wang, Xin Xiong, Yu-Hua Liao, Qiu-Tang Zeng, Xiang Cheng, Yan-Zong Yang, Cong Li, Rong Yang, Chu-Chu Wang, Gang Wu, Qiu-Lun Lu, Ying Bai, Yu-Feng Huang, Dan Yin, Qing Yang, Xiao-Jing Wang , Da-Peng Dai , Rong-Feng Zhang , Jing Wan , Jiang-Hua Ren , Si-Si Li , Yuan-Yuan Zhao , Fen-Fen Fu , Yuan Huang , Qing-Xian Li , Sheng-Wei Shi , Nan Lin , Zhen-Wei Pan , Yue Li , Bo Yu  , Yan-Xia Wu  , Yu-He Ke  , Jian Lei  , Nan Wang , Chun-Yan Luo , Li-Ying Ji , Lian-Jun Gao , Lei Li , Hui Liu , Er-Wen Huang , Jin Cui , Xiang Ren , Hui Li , Tie Ke , Xian-Qin Zhang , Jing-Yu Liu , Mu-Gen Liu , Hao Xia , Bo Yang , Li-Song Shi , Yun-Long Xia , Xin Tu  & Qing K Wang . Genome-wide association identifies a susceptibility locus for coronary artery disease in the Chinese Han population. Nature Genetics. 2011 43(3): 345-9 (共同第一作者,影响因子29.64,T2类)
(3)  Xu C, Wang F, Wang B, Li X, Li C, Wang D, Xiong X, Wang P, Lu Q, Wang X, Yang Q, Yin D, Huang Y, Ji L, Wang N, Chen S, Cheng X, Liao Y, Ma X, Su D, Chen G, Xia H, Shi L, Tu X, Wang QK. Minor Allele C of Chromosome 1p32 SNP rs11206510 Confers Risk of Ischemic Stroke in the Chinese Han Population. Stroke. 2010; 41(8):1587-92. (第一作者,影响因子6.02,T2类)
(4) Xiong X, Xu C, Zhang Y, Li X, Wang B, Wang F, Yang Q, Wang D, Wang X, Li S, Chen S, Zhao Y, Yin D, Huang Y, Zhu X, Wang L, Wang L, Chang L, Xu C, Li H, Ke T, Ren X, Wu Y, Zhang R, Wu T, Xia Y, Yang Y, Ma X, Tu X, Wang QK. BRG1 variant rs1122608 on chromosome 19p13. 2 confers protection against stroke and regulates expression of pre-mRNA-splicing factor SFRS3. Human Genetics 2014, 133(5):499-508.(共同第一作者,影响因子4.522,A类)
(5)  Ren X, Xu C, Zhan C, Yang Y, Shi L, Wang F, Wang C, Xia Y, Yang B, Wu G, Wang P, Li X, Wang D, Xiong X, Liu J, Liu Y, Liu M, Liu J, Tu X, Wang QK.Identification of NPPA variants associated with atrial fibrillation in a Chinese GeneID population. Clinica Chimica Acta. 2010;411(7-8):481-5.(共同第一作者,影响因子2.764,A 类)
(6) Ying Bai, Shaofang Nie, Guiqing Jiang, Yingchao Zhou, Mengchen Zhou, Yuanyuan Zhao, Sisi Li, Fan Wang, Qiulun, Lu, Yufeng Huang, Qin Yang, Qingxian Li, Yue Li, Yunlong Xia, Ying Liu, Jinqiu Liu, Jin Qian,  Bin Li,  Gang Wu,  Yanxia Wu, Binbin Wang, Xiang Cheng, Yanzong Yang, Tie Ke, Hui Li, Xiang Ren,  Xu Ma, Yuhua Liao, Chengqi Xu, Xin Tu, and Qing K. Wang,  Regulation of CARD8 Expression by ANRIL and Association of CARD8 SNP rs2043211 (p.C10X) with Ischemic Stroke, 2014, 45(2):383-8. (影响因子6.02,T2类)
(7) Li L, Chen D, Li J, Wang X, Wang N, Xu C and Wang QK. (2013) Aggf1 acts at the top of the genetic regulatory hierarchy in specification of hemangioblasts in zebrafish. Blood , 2014, 123(4):501-8. (影响因子9.775,T2类)
(8)  Li X, Huang Y, Yin D, Wang D, Xu C, Wang F, Yang Q, Wang X, Li S, Chen S, Xiong X, Huang Y, Zhao Y, Wang L, Zhu X, Su Z, Zhou B, Zhang Y, Wang L, Chang L, Xu C, Li H, Ke T, Ren X, Cheng X, Yang Y, Liao Y, Tu X, Wang QK. Meta-analysis identifies robust association between SNP rs17465637 in MIA3 on chromosome 1q41 and coronary artery disease. Atherosclerosis 2013;231(1):136-40. (影响因子3.97,B类)
(9) Tu X, Nie S, Liao Y, Zhang H, Fan Q, Xu C, Bai Y, Wang F, Ren X, Tang T, Xia N, Li S, Huang Y, Liu J, Yang Q, Zhao Y, Lv Q, Li Q, Li Y, Xia Y, Qian J, Li B, Wu G, Wu Y, Yang Y, Wang QK, Cheng X. The IL-33-ST2L pathway is associated with coronary artery disease in a Chinese Han population. Am J Hum Genet. 2013 ;93(4):652-60. (影响因子10.99,T2类)
(10) Lu Q, Yao Y, Yao Y, Liu S, Huang Y, Lu S, Bai Y, Zhou B, Xu Y, Li L, Wang N, Wang L, Zhang J, Cheng X, Qin G, Ma W, Xu C, Tu X, Wang Q. Angiogenic factor AGGF1 promotes therapeutic angiogenesis in a mouse limb ischemia model. PLoS One. 2012;7(10):e46998. (影响因子3.53, A类)
(11)  Cheng X, Shi L, Nie S, Wang F, Li X, Xu C, Wang P, Yang B, Li Q, Pan Z, Li Y, Xia H, Zheng C, Ke Y, Wu Y, Tang T, Yan X, Yang Y, Xia N, Yao R, Wang B, Ma X, Zeng Q, Tu X, Liao Y, Wang QK. The same chromosome 9p21.3 locus is associated with type 2 diabetes and coronary artery disease in a chinese han population. Diabetes. 2011 60(2):680-4. (影响因子8.47,T2类)
(12)  Li C, Wang F, Yang Y, Fu F, Xu C, Shi L, Li S, Xia Y, Wu G, Cheng X, Liu H, Wang C, Wang P, Hao J, Ke Y, Zhao Y, Liu M, Zhang R, Gao L, Yu B, Zeng Q, Liao Y, Yang B, Tu X, Wang QK. Significant association of SNP rs2106261 in the ZFHX3 gene with atrial fibrillation in a Chinese Han GeneID population. Human Genetics 2011;129(3):239-46. (影响因子4.522,A类)
(13)  Wang P, Yang Q, Wu X, Yang Y, Shi L, Wang C, Wu G, Xia Y, Yang B, Zhang R, Xu C, Cheng X, Li S, Zhao Y, Fu F, Liao Y, Fang F, Chen Q, Tu X, Wang QK.Functional dominant-negative mutation of sodium channel subunit gene SCN3B associated with atrial fibrillation in a Chinese GeneID population. Biochemical and Biophysical Research Communication. 2010 ;398(1):98-104. (影响因子2.28,B类)
(14)  Shi L, Li C, Wang C, Xia Y, Wu G, Wang F, Xu C, Wang P, Li X, Wang D, Xiong X, Bai Y, Liu M, Liu J, Ren X, Gao L, Wang B, Zeng Q, Yang B, Ma X, Yang Y, Tu X, Wang QK.Assessment of association of rs2200733 on chromosome 4q25 with atrial fibrillation and ischemic stroke in a Chinese Han population. Human Genetics 2009; 126(6):843-9. (影响因子4.522,A类)
(15)  Zhang X, Chen L, Liu J, Zhao Z, Qu E, Wang X, Chang W, Xu C, Wang QK, Liu M.A novel DSPP mutation is associated with type II dentinogenesis imperfecta in a Chinese family. BMC Medical Genetics 2007 Aug 88:52. (影响因子2.45,B类)
学术贡献
a) 作为共同第一作者和主要完成者之一,于 2011年在 Nature Genetics 首次报道了中国人群冠心病全基因组关联分析(GWAS)研究结果,发现6p24区域ADTRP基因(原名C6orf105)中rs6903956变异通过降低ADTRP基因表达增大冠心病风险,这一发现相继在其他中国人群和新加坡人群得到独立验证。Lupu等也发现ADTRP调控TFPI基因(编码组织因子途径抑制物)表达,抑制Ⅶ因子和Ⅹ因子,在维持正常凝血、血栓形成、内皮细胞功能、动脉粥样硬化发生中发挥关键的生理作用。
b) 通过大规模病例-对照关联研究(case-control association study),涉及总样本量超过6600例,首次发现位于染色体1p32区域单核苷酸多态(SNP)rs11206510的小等位C会显著增加缺血性脑卒中发生风险。该研究是到2010年为止报道国内最大的脑卒中研究群体的研究,发现了一个新的缺血性脑卒中易感位点,对理解缺血性脑卒中的分子遗传机制,探索缺血性脑卒中遗传风险预测具有较大意义。该论文于2010年发表在全世界脑卒中临床和基础研究领域最权威杂志之一《stroke》上(2009年影响因子7.04),被评为当期亮点文章,并被多家媒体报道。
c) 2014年,通过对GWAS数据的深入挖掘,创新性的提出了基于信号通路的GWAS研究策略(Candidate Pathway-Based GWAS),并将之应用在冠心病分子遗传研究当中。该研究通过对全基因组补体免疫信号系统(complement system)32个基因的760个单核苷酸多态性(SNP)的关联分析,首次发现C3AR1基因和C6基因区域的两个功能性SNP与冠心病发生风险显著相关。该研究提出了后GWAS时代一个非常有效的数据挖掘方法,并发现了两个新的冠心病易感基因。该成果已在线发表于心血管分子遗传学研究领域最具影响期刊之一《Circulation: Cardiovascular Genetics》。
d) 完成了中国汉族人群首个心房纤颤全基因组关联分析,发现6个新的房颤易感位点(待发表),发现新的NPPA基因变异与中国汉族人群房颤相关,结果发表于《Clinica Chimica Acta》。
          如有异议,请在2014年12月12日前向学院申诉,申诉材料交党政办公室。
 

                                                                                                                                             生命科学与技术学院 党政办公室

                                                                                                                                               二零一四年十二月八日



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