Shi-You Ding 教授主要关注生物质生物降解系统的结构及生物化学研究，涉及领域包括生物能源及生物基产品、生物分子成像、植物生物学和应用生物纳米科学等。在国家可再生能源实验室研究主要包括：理解生物质抵抗转化生物能源及生物基产品的结构及化学特征；理解生物质解构的分子机制，包括纤维素酶、微生物和生物质之间的分子相互作用等；开发提升生物质转化生物能源及生物基材料的新途径；从自然生境中发现创新性的纤维素酶系统等。主持美国能源部，国家可再生能源实验室等项目多项，科研经费累计超过1600万美元。